Parlimen pertama di bawah kerajaan yang bertanggungjawab bermula pada 22 Mei 1856 tetapi, untuk beberapa bulan, tiada kerajaan yang stabil dapat dibentuk. Parkes pernah ditawarkan jawatan tetapi menolak kerana dia merasakan dia akan meninggalkan rakan-rakannya. Empayar tidak menguntungkan walaupun reputasinya. Sekitar penghujung tahun 1856, beliau meletakkan jawatannya untuk memberi tumpuan kepada menyelamatkan perniagaan akhbar. Dia tidak berjaya, dan liabiliti kertas itu berjumlah £50,000. Walaupun rakan-rakannya cuba meredakan keadaan dengan memajukan jumlah yang diperlukan untuk membayar gadai janji £11,000 pada tahun 1858, kedudukan itu menjadi sia-sia.

Pada awal tahun itu, Parkes telah memasuki Dewan Undangan sekali lagi, kali ini sebagai ahli untuk North Riding of Cumberland. Parkes duduk di parlimen ini selama kira-kira enam bulan tetapi kemudian meletak jawatan pada penghujung Ogos 1858 kerana insolvensinya. Liabilitinya dianggarkan berjumlah £50,000 dan asetnya berjumlah £48,500. Pengeluaran sijil insolvensi telah ditentang keras dan prosiding telah lama dibuat. Siasatan ke atas akaun Parkes mendapati dia secara amnya bertindak di bawah nasihat jurubanknya, dan dia akhirnya dibebaskan oleh ketua pesuruhjaya dalam ketidakmampuan membayar sebarang niat penipuan.

Parlimen Pertama

Dilepaskan daripada kerja beratnya di Empayar, yang diteruskan di tangan lain, Parkes berdiri untuk parlimen dan dipilih untuk East Sydney pada 10 Jun 1854. Dia berdiri sebagai calon bebas , tetapi dalam senarai calon yang dipilih beliau digambarkan oleh Sydney Morning Herald sebagai "radikal". Beliau secara amnya menyokong dasar tanah Sir John Robertson, lanjutan pendidikan, dan perdagangan bebas. Beliau adalah penyokong kuat perdagangan bebas, program imigresen dan pembaharuan pendidikan. Beliau juga sangat menyokong pembangunan perkilangan kerana beliau menggalakkan pertanian. Beliau memperkenalkan undang-undang yang memberi Kerajaan kuasa untuk menggaji guru dan mewujudkan sekolah awam, memansuhkan pembiayaan kerajaan untuk sekolah agama dan menambah baik penjara.

Parkes juga percaya pada imigresen, dan kuasanya yang terkenal sebagai pemidato menyebabkan dia dihantar ke England dengan William Dalley sebagai pesuruhjaya emigrasi dengan gaji £1000 setahun setiap seorang pada Mei 1861. Parkes meninggalkan isteri dan lima orangnya, tidak lama lagi menjadi enam, anak dalam kemiskinan, di ladang yang disewa di Werrington.[2] Tugas mereka terhad kepada penyebaran maklumat, dan Parkes bercakap pada kira-kira 60 mesyuarat di bandar-bandar di barat dan utara England dan di Scotland. Dia merasakan bahawa dia telah melakukan kerja yang baik, tetapi sukar untuk mengatakan sejauh mana kesan kata-katanya. Sepanjang 14 bulan dia berada di England dia bertemu Thomas Carlyle. Dia kembali ke Australia pada Januari 1863.

Pada bulan Ogos beliau menentang J. B. Darvall di East Maitland dan telah dikalahkan; tetapi pada tahun berikutnya, telah dipilih untuk Kiama. Pada Januari 1866, perdana menteri, Charles Cowper, meletak jawatan berikutan pindaan yang digerakkan oleh Parkes telah dilaksanakan. Tegasnya gabenor sepatutnya bertanya Parkes sama ada dia boleh membentuk kerajaan, tetapi Sir James Martin telah dihantar dan Parkes diberi jawatan Setiausaha Tanah Jajahan. Kementerian ini kekal memegang jawatan selama hampir tiga tahun, dari Januari 1866 hingga Oktober 1868. Sekeping perundangan penting yang dijalankan ialah Akta Sekolah Awam 1866, yang diperkenalkan oleh Parkes, yang memerlukan guru menjalani latihan dan mewujudkan mekanisme pembiayaan. Sebuah majlis pendidikan telah dibentuk, dan untuk empat tahun pertama selepas kelulusan akta itu, Parkes mengisi jawatan presiden. Akibat perbuatan itu, banyak sekolah baharu ditubuhkan di seluruh tanah jajahan.[5] Parkes juga memulakan pengenalan jururawat dari England yang dilatih oleh Florence Nightingale.[2]

Pada 1867 hingga 1868 Alfred, Duke of Edinburgh (anak kedua tertua Ratu Victoria) melawat tanah jajahan Australia. Pada 12 Mac 1868 Duke ditembak di belakang oleh seorang Henry James O'Farrell. Bakal pembunuh upahan ialah orang Ireland, dan pada masa itu mendakwa dia seorang Fenian. Luka itu, walaupun menyakitkan, tidak membawa maut. Walaupun permintaan Duke untuk kelonggaran, kerajaan kolonial membenarkan O'Farrell dihukum bunuh. O'Farrell telah, dalam pada itu, mengakui dia sebenarnya bukan ahli Fenian, tetapi pada masa pelaksanaan tindakan keganasan lain yang berkaitan dengan Fenian (terutamanya pembunuhan D'Arcy McGee di Kanada) mendorong perasaan anti-Fenian dan anti-Katolik Ireland. Parkes menolak keras anti-Fenianisme. Buat sementara waktu dakwaannya mengenai konspirasi besar Fenian di New South Wales mendapat sedikit daya tarikan, tetapi apabila tiada apa-apa lagi yang berlaku pendapat umum mula berbalik dan dia dituduh sebagai anti-Ireland. Akibatnya, kedudukan politiknya menjadi lemah.[8]

Dia meletak jawatan daripada kementerian Martin pada September 1868, dan untuk tiga setengah tahun berikutnya tidak lagi berkhidmat. Pada tahun pertama pemerintahan Robertson, beliau telah mengemukakan usul tidak percaya yang telah dikalahkan dengan empat undi. Parkes terus menjadi salah seorang tokoh yang paling ketara dalam dewan, dan pada pilihan raya 1869 telah dikembalikan sebagai ketua tinjauan pendapat untuk East Sydney.